Le jury présidé par Andreï Konchalovsky était également composé de Daniel Brühl, Sandrine Bonnaire, Souleymane Cissé, Tim Burton, Zbigniew Reisner, a décerné les prix de la selection Cinefondation 2006.
Le film Ge & Zeta de l’argentin Gustavo Riet a reçu le premier prix.
Le second prix a été remis au film d’animation Mr. Schwartz, Mr Hazen et Mr. Horlocker du cinéaste Stefan Mueller. Le troisième a été remis ex-aequo à A Virus d’Agnès Kocsis, et à Mother de Siân Heder.
En 2006, Kodak a renouvelé son partenariat officiel avec la Cinéfondation.